功能性胃肠病(FGIDs)病情多呈慢性发展、反复发作，严重影响并限制了患者的日常生活。目前尚无根治的方法，治疗方法上主要以缓解症状、提高生活质量为主。FGIDs 的传统药物治疗也主要是缓解疼痛不适症状和改善排便习惯。
餐后不适综合征( PDS) 患者常用莫沙必利、西沙必利、多潘立酮等药促进胃动力。多潘立酮通过作用于胃肠壁促进胃蠕动和胃排空，用于功能性消化不良（FD）有较好的疗效，但有相关报道提示多潘立酮可有溢乳反应，亦可导致锥体外系不良反应，用药时应多加警惕。而莫沙必利较早应用于临床，在改善症状的同时有复发率低的优点。
上腹痛综合征( EPS)患者多以抑制胃酸分泌为疗法，H2 受体拮抗剂或质子泵抑制剂为临床常用抑酸药。国内有临床试验显示奥美拉唑联合多潘立酮治疗功能性消化不良（FD）可显著提高胃动素、胃泌素等激素水平，促进胃肠道运动，总体有效率可达 95.1% 。
至于肠易激综合征(IBS)，解痉药可作为 IBS 的短期对症治疗方法，临床常用解痉药有奥替溴铵、匹维溴铵、曲美布汀等。奥替溴铵和匹维溴铵通过作用于肠道平滑肌的钙离子通道，缓解平滑肌收缩，解除平滑肌痉挛，从而缓解腹部不适。曲美布汀具有双向调节作用，在胃肠运动无力时，直接作用于胃肠道平滑肌，促进胃蠕动和胃排出。
然而近年来越来越多的研究结果显示，脑-肠轴失调是FGIDs的重要发病机制。脑－肠轴与精神心理因素、胃肠动力障碍、内脏高敏感、肠道菌群失调等方面均有联系。脑－肠轴是连接中枢神经系统和胃肠道的双向通路，精神心理因素可以使胃肠道感觉阈值降低，胃肠道敏感性增强，胃肠道不适症状传输到中枢神经系统又可引起焦虑、抑郁等精神反应。目前临床上多用低剂量抗抑郁药物联合常规药物治疗 FGIDs 以避免常规剂量抗抑郁药物的不良反应。小剂量三环类抗抑郁药阿米替林联合促胃动力药和抑酸药可有效缓解FD患者的症状，同时改善焦虑抑郁情绪和睡眠质量，可应用于常规药物治疗无效后的难治性 FD 患者。另外，新三环类抗抑郁复合制剂黛力新联合常规胃肠药物治疗效果更加，还可提高患者的睡眠质量。
除了应用抗抑郁药物治疗FGIDs的焦虑抑郁问题外，目前还主张采取认知行为干预疗法，包括认知行为教育、情绪作用认识 ABC 理论、识别负性想法、认知重建等内容，认知行为干预可持续有效地提高 FGIDs患者生活质量。
